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如何选择耳聋基因检测项目
耳聋是影响健康和造成残疾的常见疾病。根据中国第二次残疾人口调查结果显示,我国现有耳聋人口2054万,每年仍有约3万左右的聋儿出生。耳聋的病因很多,包括遗传、噪声、药物和感染等。其中,遗传因素是耳聋最主要的病因,约占所有先天性重度-极重度感音神经性耳聋的60%。
耳聋基因众多,已经明确的人类非综合征型耳聋基因有120个,明确耳聋病因对于采取有效的预防干预手段至关重要,耳聋基因检测是目前临床普遍开展的检查项目。由于遗传性耳聋以隐性遗传为主,患者通常没有耳聋家族史。因此,无论是否有耳聋家族史,双侧感音神经性耳聋的患者均建议做耳聋基因检测。另外,在大量的迟发性听力下降的患者中,亦有许多患者由遗传因素致病,所以遗传性耳聋不等于先天性耳聋。
一、耳聋基因检测项目有哪些?
目前,应用于临床的耳聋基因检测项目大致分为五类:
1.耳聋基因致病热点突变筛查;
2.常见耳聋基因测序(Sanger法);
3.耳聋基因目标区域捕获二代测序(通常为已知耳聋基因外显子区域)
4.基因组全外显子组测序;
5.全基因组测序(外显子+内含子)。
二、如何选择耳聋基因检测项目?
目前医院的耳聋基因检测项目主要有以上五类,各有优缺点,现在我们分别给大家列出,大家可以根据自己的实际情况选择。
1、耳聋基因致病热点突变检测
这项检查主要针对中国人群的热点耳聋基因(GJB2,SLC26A4,线粒体基因)和热点突变进行检测,通常用于人群筛查。
优点:价格便宜(约500-1000元),虽然覆盖基因和位点较少,但均为致病性比较明确的热点突变(GJB3 538位点除外),检测时间短,检出率高,特异性强,结果解析容易。
不足:覆盖位点少,不能涵盖所有已知耳聋基因,如果检测结果为阴性,需要进行更全面的耳聋基因检测。如果为芯片检测,最终确定诊断需要做一代测序验证。
2、常见耳聋基因测序(Sanger法)
一般来讲,该检测主要针对中国人群最常见的3个耳聋基因:GJB2、SLC26A4及线粒体的检测,采用一代测序,准确度高。如果基因芯片筛查结果为阳性,建议使用常见耳聋基因的全测序进行验证和确诊。对于CT明确诊断为大前庭水管综合征的患者,可直接采用SLC26A4基因全测序的方法确定致病性变异。
优点:准确度高,可确诊,针对3个常见耳聋基因检测时间约1-2周,检出率高,结果解析容易。
不足:由于一代测序成本高,价格在500-2000,通量低,无法同时针对更多基因进行检测,限制了其临床应用。
3、耳聋基因目标区域捕获二代测序
耳聋基因目标区域采用二代测序方法,该检查比较全面,同时分析几乎所有已知聋基因的全外显子组区域,既包含常见耳聋基因,又包括罕见的耳聋基因。
优点:通量高,可同时检测超过100个耳聋基因,价格适中,约3000-4000。由于检测的基因多为已知的致聋基因,数据解析相对全外显子组和全基因组测序要简单。
不足:检测周期长,通常为1~2个月,筛选到可疑致病变异后需要采用一代测序验证,有时变异性质无法明确。
4、全外显子组测序
采用二代测序方法,同时检测所有基因的外显子区(编码区)。目前认为致病性变异80%位于外显子区域,而外显子组仅占基因组的1%,因此针对全基因组外显子的检测更经济,数据分析更便捷。推荐1-3检测无阳性发现的耳聋个体选择该检测,尤其当患者除了耳聋还合并其它系统异常,或者有明确耳聋家族史。
优点:除了检测已知耳聋基因外,同时检测所有基因,有可能发现耳聋新基因。
不足:检测周期长,约2~3个月,价格高,约6000-10000元,筛选到可疑致病变异后需要采用一代测序验证,有时变异性质无法明确。需要特别强调的是除了检测已知耳聋基因外,还有可能在未明确与耳聋相关的基因上发现致病性无法明确的变异。
5、全基因组测序
采用二代测序方法检测所有基因的编码区和非编码区(外显子和内含子)。只有通过1-4检查无阳性发现,且有明确遗传家族史的个体选择全基因组测序。
优点:是目前检测范围最广的测序手段,可能发现位于内含子区域的致病性变异。基因组全覆盖,检测通量大。
不足:检测周期长,6-12个月,价格高,大于10000元。筛选到可疑致病变异后需要采用一代测序验证。需要特别强调的是由于内含子区存在大量无法解析的变异,数据积累少,目前数据分析能力不足。
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